Tempio valdese di Pisa

L'Orto e Museo Botanico di Pisa, o più semplicemente Orto Botanico di Pisa, è una struttura didattico-scientifica del Sistema Museale di Ateneo dell'Università di Pisa.

Il Museo di anatomia umana Filippo Civinini è un museo a carattere scientifico, archeologico e artistico, inaugurato ufficialmente nel 1839. Tuttora collocato nella sua sede storica pisana, all'interno della Scuola medica dell'Università di Pisa, in via Roma 55, il museo prende il nome dall'omonimo anatomista. Fa parte del sistema museale di Ateneo.

L'ospedale Santa Chiara è uno dei due policlinici presenti nel territorio del Comune di Pisa. Dagli anni '90 è parte dell'Azienda ospedaliero-universitaria pisana, nella quale convivono strutture specialistiche a direzione ospedaliera e universitaria, oltre che un certo numero di aule destinate alla didattica universitaria (principalmente Medicina e Chirurgia e Odontoiatria e Protesi dentaria). È prevista la chiusura dell'ospedale, entro il 2027, a seguito del processo, in atto dal 2004, di trasferimento di tutti i reparti e dell'università dal complesso di Santa Chiara a quello di Cisanello. Rimangono, al 2026, attivi presso il polo ospedaliero le chirurgie plastiche, la senologia, la reumatologia, i reparti afferenti al DAI materno-infantile e al DAI oncologico, oltre ad altri reparti a indirizzo internistico, radiodiagnostico o intensivo e agli uffici amministrativi.

Casa Miniati è un edificio medievale di Pisa, situato in via Santa Maria, angolo con via Volta.

Il Palazzo Quaratesi si trova tra via Santa Maria a Pisa, a poca distanza dal Palazzo delle Vedove e dalla chiesa di San Nicola. Dal 2015 è sede dell'Accademia di Belle Arti di Pisa.

La Domus Galilaeana è una fondazione culturale di Pisa, con sede in via Santa Maria 26. Attualmente la Domus Galilaeana custodisce una biblioteca specializzata in storia della scienza di oltre 40.000 volumi e importanti archivi di personalità scientifiche dell'Ottocento e del Novecento nonché altri beni mobili e vecchi strumenti scientifici.

Palazzo Agonigi da Scorno si trova in via Santa Maria, 30, nel centro di Pisa.

La porta Buoza (o Buozzi) è una porta delle mura cittadine di Pisa e si trova all'interno dell'area degli ospedali riuniti di Santa Chiara.

La Clinica Ortopedica Putti è un edificio sanitario, situato in via Risorgimento 36 a Pisa, nonché un importante esempio di architettura razionalista in città.

Il Palazzo delle Vedove è un palazzo di Pisa situato tra via Santa Maria e via Trento.

Il Palazzo Boilleau, o Boileau, anche noto come Palazzo dello Stellino o Palazzo Sanminiatelli, è un edificio storico del centro di Pisa, situato nel quartiere Santa Maria, sede didattica del Dipartimento di Filologia, Letteratura e Linguistica dell'Università di Pisa. Il palazzo fu edificato alla fine del XVI secolo per volere di Carlo Antonio Dal Pozzo, consigliere del granduca Ferdinando I de' Medici e arcivescovo di Pisa. Il progetto venne affidato da Giuseppe Bocca, vicario dell'arcivescovo, all'architetto Raffaello Zanobi di Pagno e prevedeva la realizzazione di una serie di edifici lungo la strada che collegava via Santa Maria con Piazza dei Cavalieri.

L'azienda ospedaliero-universitaria pisana (abbreviato AOUP) è il principale istituto ospedaliero di Pisa; opera in sinergia con l'Università di Pisa, della quale rappresenta la sede centrale della scuola di medicina. Si compone di due presidi: l'Ospedale Santa Chiara e l'Ospedale Cisanello. Per numero di posti letto, e di ricoveri, rappresenta uno dei principali poli ospedalieri, in Toscana e in Italia, con notevoli percentuali di ricoveri extra-regionali. Secondo Agenas nel 2023 l’Azienda Ospedaliero Universitaria Pisana si classifica come terzo migliore ospedale, in assoluto, in Italia. A seguito di un’indagine da parte del ministero della salute, l’AOU Pisana si classifica come quinta in Italia (nonché seconda struttura pubblica) per attrattività extra-regionale nelle procedure mediche ad alta complessità e specializzazione. L’ospedale è sede di un DEA di II livello, ovvero centro traumi ad alta specializzazione, nonché l’unico ospedale regionale ad essere dotato di un centro grandi ustioni.