Museo di anatomia umana Filippo Civinini

L'Orto e Museo Botanico di Pisa, o più semplicemente Orto Botanico di Pisa, è una struttura didattico-scientifica del Sistema Museale di Ateneo dell'Università di Pisa.

L'azienda ospedaliero-universitaria pisana (abbreviato AOUP) è il principale istituto ospedaliero di Pisa; opera in sinergia con l'Università di Pisa, della quale rappresenta la sede centrale della scuola di medicina. Si compone di due presidi: l'Ospedale Santa Chiara e l'Ospedale Cisanello. Per numero di posti letto, e di ricoveri, rappresenta uno dei principali poli ospedalieri, in Toscana e in Italia, con notevoli percentuali di ricoveri extra-regionali. Secondo Agenas nel 2023 l’Azienda Ospedaliero Universitaria Pisana si classifica come terzo migliore ospedale, in assoluto, in Italia. A seguito di un’indagine da parte del ministero della salute, l’AOU Pisana si classifica come quinta in Italia (nonché seconda struttura pubblica) per attrattività extra-regionale nelle procedure mediche ad alta complessità e specializzazione. L’ospedale è sede di un DEA di II livello, ovvero centro traumi ad alta specializzazione, nonché l’unico ospedale regionale ad essere dotato di un centro grandi ustioni.

La chiesa di Santa Chiara a Pisa si trova in via Roma, a pochi passi dalla piazza del Duomo.

Il Palazzo Boilleau, o Boileau, anche noto come Palazzo dello Stellino o Palazzo Sanminiatelli, è un edificio storico del centro di Pisa, situato nel quartiere Santa Maria, sede didattica del Dipartimento di Filologia, Letteratura e Linguistica dell'Università di Pisa. Il palazzo fu edificato alla fine del XVI secolo per volere di Carlo Antonio Dal Pozzo, consigliere del granduca Ferdinando I de' Medici e arcivescovo di Pisa. Il progetto venne affidato da Giuseppe Bocca, vicario dell'arcivescovo, all'architetto Raffaello Zanobi di Pagno e prevedeva la realizzazione di una serie di edifici lungo la strada che collegava via Santa Maria con Piazza dei Cavalieri.

Il Tempio valdese di Lucca è un luogo di culto evangelico valdese sito a Pisa, in via Derna n. 13.

La chiesa di San Giorgio ai Tedeschi si trova in via Santa Maria a Pisa.

La Fontana dei Putti è un'opera monumentale in marmo di Carrara, posta all'ingresso di Piazza dei Miracoli e di via santa Maria a Pisa. Fu realizzata tra il 1746 e il 1765 da Giuseppe Vaccà, che ne curò il basamento, e da Giovanni Antonio Cybei, autore del gruppo marmoreo dei putti che reggono gli stemmi di Pisa e dell'Opera del Duomo, su disegno del pittore Giovanni Battista Tempesti.

La Domus Galilaeana è una fondazione culturale di Pisa, con sede in via Santa Maria 26. Attualmente la Domus Galilaeana custodisce una biblioteca specializzata in storia della scienza di oltre 40.000 volumi e importanti archivi di personalità scientifiche dell'Ottocento e del Novecento nonché altri beni mobili e vecchi strumenti scientifici.

Palazzo Venera è un edificio storico di Pisa, situato nel quartiere Santa Maria, sede distaccata del Dipartimento di Filologia, Letteratura e Linguistica dell'Università di Pisa. Non si hanno notizie certe sul periodo di costruzione di Palazzo Venera. Il palazzo è noto per aver ospitato Vittorio Alfieri per un breve periodo e per essere stato la sede del primo collegamento a Internet in Italia nel 1986.

Palazzo Agonigi da Scorno si trova in via Santa Maria, 30, nel centro di Pisa.

Casa Miniati è un edificio medievale di Pisa, situato in via Santa Maria, angolo con via Volta.

Il Museo delle sinopie in piazza del Duomo a Pisa si trova in un grande edificio medievale in laterizio, l'antico Spedale Nuovo Nel museo sono conservate le sinopie, appunto, degli affreschi del Camposanto monumentale. Gli affreschi, opera di diversi artisti, tra i quali Buffalmacco, Andrea Bonaiuti, Antonio Veneziano, Spinello Aretino, Taddeo Gaddi, Piero di Puccio, Benozzo Gozzoli e altri, un tempo coprivano le pareti del camposanto e furono distrutti o comunque molto danneggiati dall'incendio del 1944 dovuto a un bombardamento alleato. In quell'occasione si staccarono gli affreschi per gli urgentissimi restauri (in larga parte ancora in corso) e si trovarono questi disegni preparatori straordinariamente conservati. Dopo il restauro furono collocati nel museo odierno, che si trova nel lato sud della piazza del Duomo, dove è presente una delle due biglietterie del complesso monumentale. Nel Museo, oltre alle sinopie stesse, sono presenti due zone multimediali: una dove viene riprodotto una simulazione in 3D stereoscopico del camposanto monumentale durante i secoli, l'altra dove, in una sorta di mini-cinema, viene proiettato un audiovisivo riguardante la struttura e i lavori di restauro della torre pendente, per il momento solo in lingua inglese.